Der Projektperimeter umfasst den Bereich von der Mündung der Kleinen Emme in die Reuss (km 0.000) bis zur Einmündung der Fontanne (km 23.350). Er deckt das Gebiet ab, welches vom Hochwasser im August 2005 besonders betroffen war.
Das Projekt "Hochwasserschutz und Renaturierung Kleine Emme" ist in drei Lose aufgeteilt, welche insgesamt in 18 Abschnitte unterteilt sind.