Bei Hochwasserschutzprojekten wird vorausgesetzt, dass der natürliche Gewässerverlauf möglichst beibehalten oder wiederhergestellt wird. Fliessgewässer werden zudem nur verbaut oder korrigiert, wenn dadurch der Zustand eines bereits verbauten oder korrigierten Gewässers verbessert werden kann.
Das Projekt «Hochwasserschutz und Renaturierung Kleine Emme» umfasst über grössere Strecken Aufweitungen. Diese Aufweitungen dienen einerseits der Vergrösserung der Abflusskapazität und andererseits ermöglichen sie die natürlicheren Dynamik des Gewässers und somit eine ökologische Zustandsverbesserung. Die neuen Uferbereiche werden breiter und flacher ausgestaltet. Durch diese Massnahmen dient das Gewässer wieder als Vernetzungsachse für verschiedene Lebewesen und wird auch für Naherholende besser zugänglich.
Der Bau dieser Aufweitungen bedingt die Schmälerung oder das temporäre Entfernen des heutigen oft sehr schmalen Waldsaums entlang der Kleinen Emme. Das Projekt strebt an, dass der Flusslauf nach den baulichen Massnahmen wieder weitgehend von Uferwald gesäumt wird, dazu werden die Flächen im erweiterten Flussraum aktiv bepflanzt.
Mit den Rodungen werden alte, kranke Baumbestände (Eschen) durch neue gesündere Jungbäume ersetzt. Auch die invasiven Neophyten werden im Rahmen des Projekts entfernt. Die Rodungsbilanz hat sich durch das Projekt nicht verschlechtert, sondern teilweise sogar verbessert.